与银行签订的《委托代扣税协议》 其中有一联要给税务局，是去税务局办什么手续才提交的啊？

可以拨打12366纳税服务电话咨询一下。
《委托代扣税协议》是税务局留存的，作为代扣税款入库的法律依据。

我是个体户，办理了营业执照和税务登记证，经营范围：信息咨询和化妆品销售，登记证需要去税务局申报吗？

去税务局是核定税种，如果不去会被税务局罚款。
现在只要办理了营业执照，税务等机关就知道了你这个单位。

公司注册两个月，银行还没下发开户许可（还要等几天），不能去税务局办理网上申报手续，这个月怎么报税？

纳税申报银行流水只是一个凭证，不影响正常的记账报税。
记账报税 华氏财务