国税注销跨区迁移,后来只有地税以营业税为主，现在要营改增怎么办，

地税会将各营改增单位资料转国税的，地税这边不再用的东西由地税收回。
国税那边填表、提供要求的资料，根据过去一年销售额确定你为一般纳税人还是小规模纳税人，之后就是在国税领购发票，报税。

公司已搬迁 原国税未注销 被函调 怎么办？？？

配合调查，如实反映情况。配合税务机关调查是纳税人的义务。鉴于去原地税务机关补办注销税务登记手续。

公司住所跨区变更后税务登记怎么办

办理税务登记跨区迁移手续。
首先向你现在所在地税务机关（西城区）申请跨区迁出，然后持税务机关开具的跨区迁移通知书，在新税务机关（朝阳区）申请迁入。

纳税人跨县（区）迁出
纳税人因住所、经营地点变动，涉及改变税务登记机关的，应当在向工商行政管理机关或者其他机关申请办理变更、注销登记前，或者住所、经营地点变动前，持有关证件和资料，向原税务登记机关申报办理注销税务登记后迁出。
纳税人跨县（区）迁入
纳税人因住所、经营地点变动，涉及改变税务登记机关的，应当在向工商行政管理机关或者其他机关申请办理变更、注销登记前，或者住所、经营地点变动前，持有关证件和资料，向原税务登记机关申报办理注销税务登记，并自注销税务登记之日起30日内向迁达地税务机关申报办理税务登记。

同一地级市，一般纳税人跨县域迁址，需要办理注销吗？

不必注销原企业。只要在原管理局办理税务注销手续，同时由市国税局征管科出具迁出证明，到新址所在地税务局办理登记手续。实质上是办理主管税务机关变更手续，企业的账务、纳税，都是延续的。请详询本地市税务局征管科。